销售伪劣种子罪的立案标准是：行为人销售伪劣种子，使生产遭受损失二万元以上的；或者其他使生产遭受较大损失的情形。该罪立案标准就是要求行为人的犯罪行为造成了较大损失的结果。
法律依据：《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定(一)》第二十三条 生产假农药、假兽药、假化肥，销售明知是假的或者失去使用效能的农药、兽药、化肥、种子，或者生产者、销售者以不合格的农药、兽药、化肥、种子冒充合格的农药、兽药、化肥、种子，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉： （一）使生产遭受损失二万元以上的； （二）其他使生产遭受较大损失的情形。
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